רשאי להגיש מועמדותו כתלמיד לתואר ״דוקטור לפילוסופיה״ כל בעל תואר שני בהיסטוריה או במחשבת ישראל או באחד ממקצועות מדעי היהדות מאוניברסיטה (מוכרת) בארץ או בחוץ-לארץ, שהשיג לפחות ציון סופי 86 בלימודיו לתואר שני וציון 90 בעבודת גמר המחקרית (תזה). מועמדים מוסמכי אוניברסיטאות מוכרות מחוץ לארץ וכן מוסמכי אוניברסיטאות בעלות שלוחות בישראל, אשר פועלות באישור המועצה להשכלה גבוהה, יחוייבו לעמוד בהצלחה בבחינת ה־GRE.

הלימודים לקראת התואר השלישי מחולקים לשני שלבים:

א.   תלמיד מחקר שלב א׳, לא יעלה על שנה מסמסטר הלימודים בו התקבל התלמיד כולל חופשת סמסטר (קיץ)
ב.   תלמיד מחקר שלב ב׳, לא יעלה על 3 שנים

מועמד שעמד בתנאי הקבלה, ואחד ממורי החוג המוסמך לכך הסכים להנחות את עבודתו וקבלתו אושרה — יעסוק בשלב מחקר א׳ בהכנתה של הצעת מחקר מפורטת. הצעת המחקר תוגש לוועדת הדוקטוראט של החוג. עם אישור ההצעה על־ידי הוועדה ועל ידי הרשות ללימודים מתקדמים יעבור התלמיד למעמד של תלמיד מחקר שלב ב׳.

תלמיד התואר השלישי יחויב במכסת לימודים על־פי המלצת המנחה וועדת הדוקטוראט (עד 16 שש"ס ולא יותר מארבעה קורסים). כמו כן ילמד שפה זרה רלבנטית לתחום המחקר.
עם סיום עבודת המחקר, יגיש התלמיד את עבודתו המודפסת, בחתימת המנחים לוועדת הדוקטוראט של החוג. לאחר שתערך בדיקה, כי אכן סיים את כל חובותיו כנדרש על־פי התקנון, יתמנו שופטים לעבודה, בהתאם לתקנון לימודי תואר שלישי.