מטרת הלימודים:

העמקת הידיעה בתרבות ובמחשבה היהודית, ובהתפתחות הרעיונות העיוניים, התיאולוגיים, המשפטיים, החברתיים והלאומיים הגלומים בהן. הקניית דרכים לחקירת הכיוונים בפילוסופיים וההיסטוריים בתרבות ובמחשבה היהודית ולחקירת זיקתם לתרבות ולפילוסופיה הכללית.

תנאי הקבלה:

ללימודי התואר השני רשאי להתקבל תלמיד אשר סיים את לימודיו לתואר ב"א בחוג למחשבת ישראל:

  1. למסלול מ"א עם כתיבת עבודת גמר מחקרית נדרש הציון המשוקלל 80 לפחות בכל אחד מן החוגים, אשר ממלאים אחרי תנאי הקבלה הכלליים ללימודי מ"א.
  2. למסלול מ"א עם בחינת גמר כולל תוכניות מובנות נדרש הציון המשוקלל 76 לפחות בכל אחד מחוגי ממלאים אחרי תנאי הקבלה הכלליים ללימודי מ"א.

הלימוד

כמו כן רשאים להתקבל תלמידים בעלי תואר ב"א מחוגים אחרים שסיימו בציון 76 לפחות. תלמידים אלו יחויבו בלימודי השלמה במחשבת ישראל, בהתאם להחלטת ועדת הקבלה של החוג ולתקנון לימודי התואר השני של האוניברסיטה.
מועמד בעל תואר ראשון ממוסד מוכר להשכלה גבוהה ששפת ההוראה בו אינה עברית, חייב לעמוד בבחינת ידע בעברית ברמה הנדרשת על ידי האוניברסיטה במהלך לימודיו כתנאי זכאותו לתואר. 
מועמדים בוגרי אוניברסיטאות מחו"ל, וכן בוגרי אוניברסיטאות בעלות שלוחות הפועלות בישראל באישור במועצה להשכלה גבוהה, יחויבו לעמוד בהצלחה בבחינת GRE או בלימודי השלמה במסגרת התואר הראשון.

מבנה הלימודים:

הם כוללים קורסים מתודולוגיים, מונוגרפיים, טקסטואליים וקורסים בנושאי התמחות. רוב הקורסים המוצעים הם הלימודים לתואר השני מכוונים להתמחות של התלמיד באחד מהמדורים אותם למד לתואר הראשון. 
סמינריונים מיוחדים למ"א.
לימודי המ"א בחוג מתקיימים בשני מסלולים מרכזיים:

 1. מסלול א': עם כתיבת עבודת גמר מחקרית –תכנית כללית, לימודים אלה הם בהיקף של 28 מכינה בתלמוד , קורס 1 בחירה מחוג אחר לפי בחירת התלמיד , שפה זרה על פי דרישות תקופת שש"ס. חובות הלימודים במסלול זה הן: 5 קורסים במסגרת החוג כולל קורס היסטוריוגרפי,

 2. מסלול ב': עם בחינת גמר- תכנית כללית, לימודים אלה הם בהיקף של 36 שש"ס. חובות ההתמחות, הגשת שתי עבודות סמינריוניות. משך הלימודים:עד שלוש שנים. הלימודים במסלול זה הן: 7 קורסים במסגרת החוג , מכינה בתלמוד , קורס 1 בחירה מחוג אחר ,לפי בחירת התלמיד הגשת שלוש עבודות סמינריוניות.   משך הלימודים: שנתיים.
בחירה במסלול של כתיבת עבודת גמר מחקרית מותנית באישור ועדת המ"א של החוג.